La distillerie fut créée en 1898 par John Thomson sur la rivière Spey.

Au début des années 1900, Knockando fut la première distillerie du Speyside à s'alimenter en électricité. Fermée deux ans après sa création, elle fut rachetée par W&A Gilbey Ltd, célèbre producteurs de Gin de Londres en 1904.

La distillerie fut reconstruite en 1969, date à laquelle elle doubla sa capacité de production. Knockando devint propriété de IDV/Gran Metropolitan en 1975.
Son single malt est toujours embouteillé en versions millésimées, et la vente de single malt qui a commencé en 1878 a propulsé Knockando à la huitième place des exportateurs de Single Malt